C'est le 20 mai 1963 qu'est élue Mère Agnès en remplacement de Mère Marie de l'Assomption, décédée subitement le 25 avril 1963. Durant son abbatiat, qui durera dix-huit années, on note l'unification de la communauté. Comme tous les autres monastères de l'ordre depuis la fondation de Cîteaux, Bonneval comptait de nombreuses soeurs converses. Canoniquement, les soeurs converses n'avaient pas le même statut que les soeurs choristes. En 1965, les statuts des converses et de choristes sont unifiés. Toutefois, de nombreuses anciennes converses demanderont à conserver l'équilibre de travail manuel et de prière, le style de vie, la spiritualité des anciens convers. La même année, la communauté change de paternité: après avoir eu celle d'Aiguebelle puis de Bonnecombe, et à cause de la fermeture de cette dernière abbaye, Bonneval sera désormais de la "filiation" de Notre-Dame des Neiges en Ardèche.
 

Mère Agnès laissera sa place à Mère Geneviève Le Quiniou, élue le 4 avril 1981. Les travaux d'entretien, de réfection des toitures, de rénovation de l'infirmerie, d'agrandissement de la chocolaterie, de la transformation des dortoirs en cellules, de la restauration de la salle du chapitre, (dans les murs de laquelle retrouvera quelques nervures anciennes, et dans les bancs, des ossements) seront accomplis durant son abbatiat. Mère Geneviève sera abbesse jusqu'au mois de décembre 1995, année de ses soixante-quinze ans.
 

L'abbaye aujourd'hui...

Le 2 février 1996, la communauté cistercienne de Bonneval est à nouveau en fête, à l'occasion de la bénédiction de sa nouvelle abbesse, Mère Michèle Cointet. Élue le 26 janvier 1996 (jour des saints fondateurs, Robert, Albéric et Etienne), elle est bénie par Mgr Bellino Ghirard, évêque de Rodez et de Vabres, en présence d'une foule nombreuse, amie du monastère. Agée de quarante-deux ans, licenciée en philosophie, Mère Michèle étudie à Toulouse. Après plusieurs visites à Bonneval, elle franchit la porte du monastère en 1974, à l'âge de vingt et un ans. Elle aurait pu être enseignante, mais après "l'apprentissage d'une vie de foi exigeante", elle opte pour la vie contemplative. Postulante, novice, professe temporaire, elle prononcera ses voeux définitifs en 1981. Sixième abbesse de Bonneval, Mère Michèle poursuit l'oeuvre spirituelle et temporelle du monastère sous la protection maternelle et confiante de Notre-Dame, patronne de tous les monastères cisterciens.  

Ainsi, dans la solitude de la vallée de Bonneval, les moniales continuent la vie monastique selon la règle de saint Benoît et les constitutions de l'ordre cistercien de la stricte observance. Elles accueillent retraitants et visiteurs curieux de découvrir un lieu paisible, au rythme équilibré des offices chantés alternant avec la prière silencieuse, le travail manuel et la Lectio Divina.